В праздник первого обретения мощей преподобного Пахомия Нерехтского в Троицком храме Троице-Сыпанова Пахомиево-Нерехтского женского монастыря была совершена Божественная литургия, которую возглавил клирик храма игумен Дионисий (Гусев) в сослужении протоиерея Владимира Гаврилова. В храме по причине карантина молились только настоятельница монастыря игумения Алексия (Ремизова) и сёстры обители.
В конце богослужения было совершено молебное славление перед ракой с честными мощами преподобного.
Богоугодно пожив, преподобный Пахомий в последний раз приобщился Святых Таин и, обратив свой взор к образу Пресвятой Троицы и исполнившись благодатного утешения, тихо произнес: «Господи, в руце Твои предаю дух мой!» С этим молитвенным воздыханием чистая душа праведника отошла ко Господу 21 марта 1384 года. Ученики при многочисленном стечении народа с горькими слезами и рыданиями погребли преподобного в созданной им обители, близ алтаря, по правую сторону Троицкого соборного храма.
В 1675 году, при игумене Харалампии, в Сыпановской обители начали строить новую каменную Троицкую соборную церковь на месте старой - деревянной. Значительное пожертвование на постройку храма было выделено царем Алексием Михайловичем, который, по рукописной монастырской летописи, был очень расположен к Пахомиеву монастырю. 6 мая 1675 года, при копании рвов под фундамент Троицкого храма у южной стены алтаря было обретено нетленное тело преподобного Пахомия. В то время Костромская земля находилась в церковно-административной зависимости непосредственно от всероссийского патриарха, так как входила в патриаршую область; поэтому о столь важном событии было немедленно сообщено патриарху Иоакиму. Патриарх поставил в известность о находке на Сыпанове царя Алексия Михайловича. В это время по благословению высшей церковной власти совершилось всероссийское признание преподобного Пахомия. Об этом свидетельствует и то, что тогда же над его ракой одним строением с Троицкой церковью был заложен и храм во имя преподобного Пахомия «еже на Нерехте», как это написано на старом холщевом антиминсе, представленном в 1838 году в канцелярию епархиального архиерея.
После построения каменного храма почитание преподобного Пахомия еще более распространилось и усилилось. Все больше и больше людей из ближних и дальних областей стали приходить к святым мощам преподобного, прося молитвенной помощи и
заступничества его пред Богом в различных несчастных обстоятельствах жизни.