Родился 21 апреля 1969 года в городе Москве в семье служащих.

В 1986 году окончил среднюю школу № 179 города Москвы с углубленным изучением математики.

19 ноября 1989 года крестился в храме во имя святителя и чудотворца Николая села Николо-Архангельского Балашихинского района Московской области.

В 1991 году окончил  Институт криптографии, связи и информатики (г. Москва) по специальности «прикладная математика».

В 1991–1993 годах проходил службу в Вооруженных силах РФ.

В 1993–1995 годах — псаломщик Никольского храма села Полтево Балашихинского района Московской области, в 1995–1999 годах — послушник Свято-Покровского Авраамиево-Городецкого монастыря Костромской епархии, в 1999–2004 годах — референт Костромского епархиального управления.

25 декабря 1999 года архиепископом Костромским и Галичским Александром пострижен в монашество с именем Ферапонт в честь преподобного Ферапонта Монзенского (память 12/25 декабря).

26 декабря 1999 года архиепископом Костромским и Галичским Александром рукоположен во иеродиакона, 7 апреля 2000 года — во иеромонаха.

В 2000–2004 годах — насельник Свято-Троицкого Ипатьевского монастыря города Костромы.

В 2001 году окончил Костромскую духовную семинарию.

Решением Священного Синода от 17 августа 2004 года (журнал № 42) назначен наместником Свято-Предтеченского Иаково-Железноборовского монастыря Костромской епархии.

В 2006 году возведен в сан игумена.

В 2007 году окончил Московскую духовную академию. Кандидат богословия. Тема диссертации: «Монастыри северо-запада Костромской земли (Буйский район): опыт церковно-археологических исследований».

Решением Священного Синода от 12 марта 2013 года (журнал № 22) избран епископом Макарьевским, викарием Костромской епархии.

25 марта 2013 года в храме Всех святых, в земле Российской просиявших, Патриаршей резиденции в Даниловом монастыре в Москве управляющим делами Московской Патриархии митрополитом Саранским и Мордовским Варсонофием возведен в сан архимандрита.

Наречен во епископа 29 марта 2013 года в Тронном зале Храма Христа Спасителя в Москве. Хиротонисан 28 апреля за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя. Богослужения возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 13 мая 2013 года на время болезни архиепископа Костромского и Галичского Алексия назначен управляющим Костромской епархией.

Решением Священного Синода от 25–26 декабря 2013 года (журнал № 133) в связи с кончиной архиепископа Алексия (Фролова) назначен Преосвященным Костромским и Галичским.

Решением Священного Синода от 25 июля 2014 года (журнал № 84) освобожден от обязанностей священноархимандрита Свято-Предтеченского Иаково-Железноборовского мужского монастыря села Борок Буйского района Костромской области.

Решением Священного Синода от 16 апреля 2016 года (журнал № 29) утвержден в должности священноархимандрита Свято-Троицкого Ипатьевского мужского монастыря города Костромы.

20 ноября 2016 года за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя в Москве Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан архиепископа.

Решением Священного Синода от 27 декабря 2016 года (журнал № 113) присвоен титул «Костромской и Нерехтский» (в связи с образованием Галичской епархии), назначен главой Костромской митрополии.

3 января 2017 года за Божественной литургией в Успенском соборе Московского Кремля Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан митрополита.