Главное здание — Богоявленский собор, самый древний из сохранившихся храмов монастыря. Построенный в 1559—1565 годах, он был пятиглавым и с трёхчастной алтарной апсидой. В 1672 году интерьер собора расписан фресками, возможно, костромскими мастерами во главе с Гурием Никитиным и Силой Савиным. Но они не сохранились. В 1825 году была построена Смоленская часовня на основе угловой квадратной башни. Она была с пологим куполом, а у её главки имелся двухъярусный ордерный декор с тосканскими колоннами. Тогда же были перестроены угловые северо-западная, северо-восточная и юго-восточная башни и вся западная сторона монастырской ограды. К югу от колокольни были пробиты новые ворота. К северу от Смоленской часовни, вдоль линии ограды, построили двухэтажные Больничные кельи.