На месте подвигов угодника Божия вскоре после его блаженной кончины был основан мужской монастырь, посвященный Живоначальной Троице; со временем за ним утвердилось именование Троицкого Макариево-Унженского. Небольшая обитель с деревянными церквами – в одной из которых, посвященной преподобному Макарию, почивали святые мощи унженского старца – до XVII столетия была не слишком известна. Ее возвышение связано с событиями Смутного времени и именем первого царя из Дома Романовых, Михаила Феодоровича. Историками выдвигалась версия о том, что будущий царь – после насильного пострига в монашество и ссылки его родителей – в младенчестве был отправлен в Макарьевский монастырь, где он до девятилетнего возраста находился под присмотром своего дальнего родственника, «дядьки».

По свидетельству монастырских рукописей, в конце 1612 года Михаил Феодорович и его мать инокиня Марфа совершили паломничество в Макариево-Унженский монастырь ко святым мощам преподобного, у которых молились об избавлении из польского плена митрополита Филарета – будущего предстоятеля Русской Церкви и отца будущего царя. В 1619 году митрополит Филарет вернулся в Москву и стал Патриархом Московским и всея Руси. Сразу же после этого совершилось прославление преподобного Макария в лике общецерковно чтимых святых, а царь Михаил с матерью отправились в новое, благодарственное паломничество на Унжу и посетили Макариеву обитель в октябре 1619 года.

Благодаря покровительству царской семьи в монастыре началось обширное каменное строительство: в 1664–1670 годах был построен соборный храм во имя Святой Троицы, в 1670–1674 годах – Макариевский храм над святыми мощами преподобного, в 1677–1680 годах – Благовещенский храм с шатровой колокольней; в 1685 году завершилась постройка Никольской надвратной церкви. Часто обитель называли даже «лаврой преподобного Макария». В 1675–1682 годах монастырем управлял игумен Митрофан – будущий святитель, поставленный в 1682 году первым епископом Воронежской епархии.

В 1735 году в обители завершилось строительство пятого каменного храма в честь Успения Божией Матери. В 1778 году из подмонастырской слободы, существовавшей при обители с XV века, и находившегося рядом села Коврово был образован город Макарьев, ставший в 1797 году центром Макарьевского уезда Костромской губернии. Кроме святых мощей преподобного, чтимой святыней обители являлась чудотворная Макарьевская икона Пресвятой Богородицы. Рядом с обителью, у подножия монастырской горки, располагался святой источник преподобного Макария, над которым построили часовню. В 1824 году к Макариевскому храму были пристроены приделы во имя святых праведных Богоотец Иоакима и Анны и во имя Архистратига Михаила; в 1833 году освящены три придела Благовещенского храма – во имя преподобного Михаила Малеина, во имя святителя Митрофана, епископа Воронежского, и в честь Преображения Господня.

В 1919 году монастырь был закрыт революционными властями, его братию изгнали из стен обители; но насельники, оставшись в городе и соседних селениях, продолжали совершать богослужения в монастыре. В 1926 году закрыли первый из монастырских храмов, надвратную Никольскую церковь, а в декабре 1929 года состоялось закрытие и остальных церквей. Святые мощи преподобного Макария были кощунственно вскрыты и переданы в краеведческий музей, а в прежней обители разместились машинно-тракторная станция и склады зерна. Тогда же бесследно исчезла чудотворная Макарьевская икона Божией Матери.

В 1989 году святые мощи унженского подвижника были обнаружены в запасниках краеведческого музея города Юрьевца Ивановской области, 14 мая 1990 года состоялась их передача Костромской епархии. Сначала мощи пребывали в костромском Воскресенском соборе на Нижней Дебре (тогда кафедральном), а в августе 1991 года их перенесли в приходскую Макариевскую церковь города Макарьева. Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 16 июля 1993 года Макариево-Унженская обитель была возрождена как женский монастырь, в январе 1994 года Костромской епархии передали весь ансамбль зданий обители. В августе 1994 года состоялось освящение первой возрожденной монастырской церкви – Макариевской. В 1995 году в обитель из городской приходской церкви перенесли святые мощи преподобного Макария, здесь они пребывают и поныне. Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 15 июля 2016 года Макариево-Унженская обитель была преобразована в мужской монастырь. В 2021 году решением Священного Синода священноархимандритом обители назначен епископ Галичский и Макарьевский Алексий (Елисеев).

Святыни обители:
– святые мощи преподобного Макария Унженского;
– чтимый список чудотворной Макарьевской иконы Божией Матери;
– святой источник преподобного Макария;
– частица мощей святителя Митрофана, в схиме Макария, епископа Воронежского;
– частица мощей святителя Спиридона Тримифунтского (мощевик вложен в икону святого);
– мощевик с частицами мощей многих святых Древней Церкви и русских святых.

Престольные и монастырские праздники (старый стиль / новый стиль):
– 25 марта / 7 апреля – Благовещение Пресвятой Богородицы;
– 9/22 мая и 6/19 декабря – святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, чудотворца;
– День Святой Троицы;
– 12/25 июля – преподобного Михаила Малеина;
– 25 июля / 7 августа – преподобного Макария Желтоводского и Унженского;
– 6/19 августа – Преображение Господне;
– 7/20 августа, 4/17 сентября и 23 ноября / 6 декабря – святителя Митрофана, в схиме Макария, епископа Воронежского;
– 15/28 августа – Успение Пресвятой Богородицы;
– 9/22 сентября – праведных Богоотец Иоакима и Анны;
– 17/30 сентября – Макарьевской иконы Божией Матери;
– 12/25 октября – обретение святых мощей преподобного Макария Желтоводского и Унженского (местное празднование);
– 8/21 ноября – Собор Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных.